進口貨物的特許權使用費是需要繳納關稅及進口附加稅的，根據海關總署2019年第58號公告（關于特許權使用費申報納稅手續有關問題的公告）對存在需要向賣方或相關方直接或間接支付與進口貨物相關的應稅特許權使用費，無論是否已經包含在進口貨物實付，應付價格中都應在“支付特許權使用費確認”欄目中填報“是”。進口時已經支付的，已支付金額填報在雜費欄。進口后支付的，應在30日內向海關申請特許權使用費后續征稅。（貿易方式：9500）
2023年1月拱北海關對珠海某科技有限公司實施稽查，發現該企業在2018年-2021年間向海關申報進口藻粉等貨物，漏申報特許權使用費110萬元，并且存在特殊關系申報為否，實際為是的情況。海關依照《中華人民共和國海關行政處罰實施條例》第十五條之規定，對企業科處罰款人民幣23萬余元。
根據企業的公開情報，海關很容易就能判斷買賣雙方是否有特殊關系，所以瞞報特殊關系并不可取。
而特許權使用費如果沒有包含在貨物進口價格內，要對外付匯就要按非貿易方式付款。而海關通過企業提供的付匯數據，外匯管理局的相關數據，就能查找到相關線索，順藤摸瓜找到企業的違規線索。
在企業中通關部門往往不知道企業存在特許權費用支付的情況，而相關部門也不知道海關對特許權使用費的相關規定，信息流通不暢導致問題產生。如何確認企業是否存在特許權使用費支付情況，企業的通關部門和財務部門可以聯動，定期確認非貿易付匯的內容，財務賬本上有注明每筆付匯的明細內容，如果有與特許權專利費相關的內容要主動向海關申報。
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