加工貿(mào)易企業(yè)不可避免的會(huì)出現(xiàn)保稅料件在庫(kù)誤差，管理完善的企業(yè)也會(huì)少量的保稅料件理論在庫(kù)和實(shí)際在庫(kù)的誤差，但是誤差產(chǎn)生的正當(dāng)理由可以得到海關(guān)認(rèn)可。加工貿(mào)易管理越完善，賬冊(cè)的在庫(kù)誤差就越少，但是零誤差是不可能的。例如正常的盤庫(kù)誤差，細(xì)小的零件跌落造成的誤差，賬冊(cè)和實(shí)際生產(chǎn)不同步造成的誤差等原因都會(huì)造成上述少量的在庫(kù)誤差。
企業(yè)為了確保企業(yè)賬賬相符，賬實(shí)相符，至少每年會(huì)進(jìn)行一次料件和成品盤點(diǎn)，這也是會(huì)計(jì)制度的要求。加工貿(mào)易企業(yè)的年終盤點(diǎn)時(shí)間和企業(yè)的賬冊(cè)核銷周期最好吻合，這樣做有兩個(gè)好處。第一是可以準(zhǔn)確計(jì)算出保稅料件的理論在庫(kù)與實(shí)際在庫(kù)的誤差數(shù)量；第二是在盤點(diǎn)中發(fā)現(xiàn)的在庫(kù)誤差，可以在賬冊(cè)核銷時(shí)進(jìn)行處理。
保稅料件的在庫(kù)誤差分為在庫(kù)短少和在庫(kù)盈余兩種。無(wú)論在庫(kù)短少和在庫(kù)盈余都要在提交給海關(guān)的核銷報(bào)告上解釋造成在庫(kù)誤差的原因，并提出企業(yè)的處理意見。
在庫(kù)短少的處理意見一般是辦理內(nèi)銷補(bǔ)稅手續(xù)，而在庫(kù)盈余的處理意見一般是調(diào)整賬冊(cè)在庫(kù)，重新納入保稅料件管理。
只要海關(guān)認(rèn)可在庫(kù)誤差產(chǎn)生的原因，并接受企業(yè)的處理意見，通過(guò)內(nèi)銷補(bǔ)稅和賬冊(cè)調(diào)整后，在庫(kù)誤差清零，加工貿(mào)易賬冊(cè)的理論在庫(kù)和實(shí)際在庫(kù)就會(huì)達(dá)成一致。在此基礎(chǔ)上開始新的一輪賬冊(cè)核銷周期，只有這樣才不會(huì)造成在庫(kù)誤差常年累積。
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